Vom Hafen Heraklion aus verkehren Fähren und Kreuzfahrtschiffe.
Fährverbindungen gibt es beispielsweise nach Piräus, Santorini, Chalki.
Wer die lange Fahrt mit dem Mietwagen oder Bus scheut, findet auch eine Fährverbindung nach Sitia, im Ostteil von Kreta gelegen.